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Des chercheurs et des réalisateurs en Symbiose
21.01.2020, par Sébastien Chavigner
Depuis quatre ans, le concours Symbiose encourage la collaboration entre artistes/réalisateurs et chercheurs, en invitant les uns et les autres à produire ensemble, et en 48 heures chrono, des courts-métrages de vulgarisation scientifique. À l’issue d’une 4e édition particulièrement riche, les lauréats des deux meilleures productions reviennent sur cette expérience inédite.

Si l’art et la science sont de vieux amis, la collaboration entre artistes et scientifiques n’est pas si commune. C’est particulièrement vrai dans le domaine de l’audiovisuel où, même si les documentaires au format « classique » sur les grandes découvertes scientifiques et les travaux de chercheurs sur le terrain parviennent à se frayer un chemin sur certaines chaînes de télévision, trop peu de place est laissée à la créativité des réalisateurs, animateurs et autres dessinateurs dans le domaine de la vulgarisation.

C’est pourtant le parti que prend depuis quatre ans le prix Symbiose, organisé par le festival international du film scientifique Pariscience, dont le CNRS est partenaire depuis deux ans. Celui-ci propose un défi original à ses participants : réunis en binômes constitués d’un chercheur ou d'une chercheuse et d’un réalisateur ou d'une réalisatrice, ceux-ci disposent de 48 heures pour écrire, réaliser et monter un court-métrage de vulgarisation scientifique d’une durée de 3 à 5 minutes. Outre ce paramètre temporel, les organisateurs du concours ont décidé de pimenter un peu les choses. D’une part, les deux membres du binôme ne se connaissent pas avant le concours, et sont tirés au sort juste avant le coup d’envoi. Autrement dit, le réalisateur peut tout aussi bien tomber sur un économiste que sur un spécialiste de la physique quantique, et devra donc se débrouiller avec un sujet dont il/elle a de fortes chances de ne même pas soupçonner l’existence.

Ensuite, chaque année, le jury impose aux candidats une thématique censée orienter leurs productions. Pour 2019, la thématique retenue était : l’alliance. Malgré ces contraintes, et un temps de sommeil d’autant plus réduit pour les participants, cette édition 2019 a encore livré de superbes productions (7 films au total) sur des thèmes extrêmement variés, allant de la chimie à la géographie en passant par l’épidémiologie. Les binômes qui sont allés au bout de l’aventure ont su faire preuve de créativité pour aborder des sujets complexes et donner au grand public le goût de la science en train de se faire.

Un gliome à abattre

C’est le cas du lauréat de cette édition 2019, Un gliome à abattre, réalisé par Cyprien Bisot et la chercheuse Nathalie Magne, post-doctorante à l’Institut du cerveau et de la moelle épinière1 (ICM) de Paris. Leur film, qui retrace l’histoire des différents traitements testés jusqu’ici contre le gliome du tronc, un type de cancer cérébral souvent fatal (chimie, chirurgie, radiothérapie…) et les nouvelles thérapies actuellement en phase d’expérimentation, respecte la thématique de l’année en mettant en avant les bienfaits de la coopération entre chercheurs de différents laboratoires et différentes spécialités. « L’idée était de montrer qu’il fallait collaborer pour soigner une maladie terrible, qui tue des gens », explique Cyprien Bisot.
 

Symbiose 2019 - Un Gliome à abattre from Association Science Télévision on Vimeo.

Leur court-métrage d’animation, réalisé en stop-motion, prend le parti inattendu de la légèreté. « C’est difficile de trouver le ton juste, de vulgariser sans s’adresser à des enfants, explique Cyprien Bisot. Le sujet est loin d’être drôle en soi, mais il nous a semblé important d’injecter de l’humour pour susciter l’intérêt. L’idée de parler du gliome comme d’un « gros tas » nous a fait rire, mais il ne fallait pas non plus aller trop loin. »  Un sentiment partagé par Nathalie Magne, qui avait « toujours eu envie de voir comment fonctionnait un tournage » et s’est donc naturellement portée candidate à ce concours atypique : « Ce sont quand même des gens qui meurent, souligne-t-elle. Il faut rappeler qu’il s’agit ici de soigner des gens. Il ne faut donc pas être trop légers. Mais avec la fatigue, on change rapidement de ton… J’avais très peur de trop simplifier. On a déjà l’impression de simplifier quand on échange avec d’autres chercheurs, alors avec le grand public… »

Tous deux tirent un bilan extrêmement positif de cette aventure inédite. « L’expérience a été excellente, il y a eu un véritable échange d’idées », raconte Nathalie Magne. « Au départ, Nathalie rentrait vraiment dans les détails, étant donné que c’est un sujet qu’elle connaît par cœur, explique Cyprien Bisot. Mais au final, la collaboration était passionnante car nos logiques étaient différentes : elle voulait rajouter des termes scientifiques, moi en enlever. Et tout s’est très bien passé, même si la contrainte de temps nous a fait croire jusqu’au bout qu’on n’y arriverait pas… »

Lui qui n’avait jamais jusqu’alors réalisé de film scientifique se dit désormais très enthousiaste à l’idée de collaborer à nouveau avec des chercheurs. Quant à Nathalie Magne, elle n’a aucun mal à percevoir les bénéfices de ce type d’exercice : « J’ai toujours aimé raconter ce que je faisais, mais en général cela prenait plutôt trois heures que trois minutes ! Aujourd’hui, ce qui est bien, c’est que je n’ai qu’à envoyer la vidéo. »
 

Des corneilles et des hommes
Mention spéciale du jury, le film Des corneilles et des hommes, co-réalisé par Clément Champiat et la zoosémioticienne Pauline Delahaye, explore quant à lui un autre type d’alliance : celle qui unit les humains aux autres espèces qui l’entourent, en particulier dans les villes. C’est tout l’objet de la zoosémiotique, qui s’intéresse au langage et au comportement complexe des espèces animales. Ici, il est plus précisément question d’une espèce qui fascine la chercheuse Pauline Delahaye, docteure en sciences du langage : les corneilles, qui vivent à notre contact depuis des siècles et sont même capables de reconnaître les visages humains.

Les corneilles ont la particularité d’être très unies, créant des liens individuels tout au long de leur vie afin de se protéger du danger. Mais comme le montre très bien ce film, tourné entre le Trocadéro et le Jardin des Plantes à Paris, elles sont également unies à l’Homme et ont dompté la ville pour en faire leur territoire. Cette cohabitation procure des bénéfices mutuels aux deux espèces : si les corneilles profitent allègrement de nos sources de nourriture et de chaleur, elles se chargent en contrepartie de nous débarrasser d’une partie de nos déchets et autres cadavres de petits animaux. Autrement dit, comme le souligne Pauline Delahaye, il est grand temps de « convaincre les humains de prendre un peu plus en compte les autres espèces lorsque l’on travaille et que l’on modifie la ville. »
 

Le réalisateur Clément Champiat est revenu pour nous sur les conditions « éprouvantes et intenses » du tournage de ce film quasi-animalier, où les oiseaux ont le premier rôle : « On a écrit toute la soirée et toute la nuit, sans perdre de temps. Tout s’est fait naturellement, Pauline a l’habitude de vulgariser. Moi, j’ai synthétisé, structuré. On a tourné non-stop de 9h à 19h, sans faire de pause pour manger. Je n’avais jamais filmé d’animaux, c’est très compliqué, il faut être patient et prendre des décisions. On a repris le tournage très tôt le dernier jour, et heureusement on a eu tout ce qu’on voulait. »

Il faut dire que le fait de tourner avec des corneilles présente des contraintes difficiles à anticiper pour un jeune réalisateur qui découvre le sujet : « On avait besoin de filmer des comportements précis, prévus dans le séquencier explique Clément Champiat. Il fallait donc attendre, ce qui est forcément frustrant quand on a une contrainte de temps. L’autre obstacle était plus inattendu : Pauline travaille sur les corneilles, et les observe donc souvent. Or, elles sont capables de reconnaître les visages humains, donc elle avait peur que les corneilles l’associent avec quelque chose de perturbant du fait de ma présence. Je ne voulais évidemment pas interférer avec son terrain de recherche, donc il a fallu m’adapter pour tourner… »

Pour autant, lui aussi tire de cette expérience un bilan résolument positif : « C’était éprouvant, mais je suis très content d’être tombé sur Pauline car nous avons été très complices et nous avons pris plaisir à faire de la vulgarisation ensemble, assure-t-il. Je suis aussi très content d’avoir découvert son travail. »

L’ensemble des films présentés lors de cette quatrième édition du festival Symbiose est à  retrouver sur le site du festival Pariscience : https://pariscience.fr/symbiose-competition-de-courts-metrages-en-48h-2019/

 

Notes
  • 1. Unité CNRS/Sorbonne Université/Inserm.

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(19) EP 1 694 829 B1 (Cont. page suivante) &    (11) EP 1 694 829 B1 (12) FASCICULE DE BREVET EUROPEEN (45) Date de publication et mention de la délivrance du brevet: 04.08.2010 Bulletin 2010/31 (21) Numéro de dépôt: 04805625.3 (22) Date de dépôt: 02.12.2004 (51) Int Cl.: C12N 7/00(2006.01) (86) Numéro de dépôt international: PCT/FR2004/003106 (87) Numéro de publication internationale: WO 2005/056584 (23.06.2005 Gazette 2005/25) (54) NOUVELLE SOUCHE DE CORONAVIRUS ASSOCIE AU SRAS ET SES APPLICATIONS. NEUER MIT SARS VERBUNDEN CORONAVIRUS STAMM UND SEINE VERWENDUNGEN NOVEL STRAIN OF SARS-ASSOCIATED CORONAVIRUS AND APPLICATIONS THEREOF (84) Etats contractants désignés: AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HU IE IS IT LI LT LU MC NL PL PT RO SE SI SK TR (30) Priorité: 02.12.2003 FR 0314151 02.12.2003 FR 0314152 (43) Date de publication de la demande: 30.08.2006 Bulletin 2006/35 (60) Demande divisionnaire: 10005885.8 (73) Titulaires: • INSTITUT PASTEUR 75724 Paris Cedex 15 (FR) • CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE (CNRS) 75794 Paris Cedex 16 (FR) • UNIVERSITE PARIS VII 75251 Paris Cedex 05 (FR) (72) Inventeurs: • VAN DER WERF, Sylvie F-91190 Gif-sur-yvette (FR) • ESCRIOU, Nicolas F-75014 Paris (FR) • CRESCENZO-CHAIGNE, Bernadette F-92200 Neuilly-sur-seine (FR) • MANUGUERRA, Jean-Claude F-75018 Paris (FR) • KUNST, Frederik, Inst. Pasteur Bureau des Brevets et Inventions 75724 Paris Cedex 15 (FR) • CALLENDRET, Benoît F- 92000 Nanterre (FR) • BETTON, Jean-Michel 75014 Paris (FR) • LORIN, Valérie 92120 Montrouge (FR) • GERBAUD, Sylvie 94100 Saint Maur Des Fosses (FR) • BURGUIERE, Ana Maria 92140 Clamart (FR) • AZEBI, Saliha 94400 Vitry-sur-seine (FR) • CHARNEAU, Pierre 75005 Paris (FR) • TANGY, Frédéric 93260 Les Lilas (FR) • COMBREDET, Chantal 75017 Paris (FR) • DELAGNEAU, Jean-François 78170 La Celle Saint Cloud (FR) • MARTIN, Monique 92290 Chatenay Malabry (FR) (74) Mandataire: Marcadé, Véronique et al Cabinet Ores 36, rue de St Pétersbourg 75008 Paris (FR) (56) Documents cités: • DATABASE EMBL 22 avril 2003 (2003-04-22), XP002294758 Database accession no. AY278489 • DATABASE EMBL 10 juin 2003 (2003-06-10), XP002294760 Database accession no. AY290752 • DATABASE UNIPROT 10 octobre 2003 (2003-10-10), XP002294761 Database accession no. P59595 2 EP 1 694 829 B1 • MARRA M A ET AL: "The genome sequence of the SARS-associated coronavirus" SCIENCE, AMERICAN ASSOCIATION FOR THE ADVANCEMENT OF SCIENCE,, US, vol. 300, no. 5624, 30 mai 2003 (2003-05-30), pages 1399-1404, XP002269483 ISSN: 0036-8075 • CHE X-Y ET AL: "RAPID AND EFFICIENT PREPARATION OF MONOCLONAL ANTIBODIES AGAINST SARS-ASSOCIATED CORONAVIRUS NUCLEOCAPSID PROTEIN BY IMMUNIZING MICE" DI YI JUNYI DAXUE XUEBAO - ACADEMIC JOURNAL OF FIRST MEDICAL COLLEGE OF PLA, GAI KAN BIANJISHI, GUANGZHOU, CN, vol. 23, no. 7, juillet 2003 (2003-07), pages 640-642, XP008028243 ISSN: 1000-2588 • WANG J ET AL: "ASSESSMENT OF IMMUNOREACTIVE SYNTHETIC PEPTIDES FROM THE STRUCTURAL PROTEINS OF SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS" CLINICAL CHEMISTRY, AMERICAN ASSOCIATION FOR CLINICAL CHEMISTRY. WINSTON, US, vol. 49, no. 12, 13 novembre 2003 (2003-11-13), pages 1989-1996, XP001182489 ISSN: 0009-9147 • SHI Y ET AL: "DIAGNOSIS OF SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME (SARS) BY DETECTION OF SARS CORONAVIRUS NUCLEOCAPSID ANTIBODIES IN AN ANTIGENCAPTURING ENZYME-LINKED IMMUNOSORBENT ASSAY" JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, WASHINGTON, DC, US, vol. 41, no. 12, décembre 2003 (2003-12), pages 5781-5782, XP008028263 ISSN: 0095-1137 • LIU G ET AL: "The C-Terminal Portion of the Nucleocapsid Protein Demonstrates SARS-CoV Antigenicity" GENOMICS, PROTEOMICS AND BIOINFORMATICS, vol. 1, no. 3, 2003, pages 193-197, XP001183377 • POON LEO L M ET AL: "Rapid diagnosis of a coronavirus associated with severe acute respiratory syndrome (SARS)" CLINICAL CHEMISTRY, AMERICAN ASSOCIATION FOR CLINICAL CHEMISTRY. WINSTON, US, vol. 49, no. 6 Pt 1, juin 2003 (2003-06), pages 953-955, XP002288942 ISSN: 0009-9147 EP 1 694 829 B1 3 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 Description [0001] La présente invention est relative à une nouvelle souche de coronavirus associé au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), issue d’un prélèvement répertorié sous le n° 031589 et prélevé à Hanoi (Vietnam), à des molécules d’acide nucléique issues de son génome, aux protéines et peptides codés par lesdites molécules d’acide nucléique ainsi qu’à leurs applications, notamment en tant que réactifs de diagnostic et/ou comme vaccin. [0002] Le coronavirus est un virus à ARN monocaténaire, de polarité positive, d’approximativement 30 kilobases qui se réplique dans le cytoplasme des cellules hôtes ; l’extrémité 5’ du génome a une structure en coiffe et l’extrémité 3’ comporte une queue polyA. Ce virus est enveloppé et comprend, à sa surface, des structures péplomériques dénommées spicules. [0003] Le génome comprend les cadres ouverts de lecture ou ORF suivants, de son extrémité 5’ vers son extrémité 3’ : ORF1a et ORF1b correspondant aux protéines du complexe de transcription-réplication, et ORF-S, ORF-E, ORFM et ORF-N correspondant aux protéines structurales S, E, M et N. Il comprend également des ORFs correspondant à des protéines de fonction inconnue codées par : la région située entre l’ORF-S et l’ORF-E et chevauchant cette dernière, la région située entre l’ORF-M et l’ORF-N, et la région incluse dans l’ORF-N. [0004] La protéine S est une glycoprotéine membranaire (200-220 kDa) qui se présente sous la forme de spicules ou "Spike" émergeant de la surface de l’enveloppe virale. Elle est responsable de l’attachement du virus aux récepteurs de la cellule hôte et de l’induction de la fusion de l’enveloppe virale avec la membrane cellulaire. [0005] La petite protéine d’enveloppe (E) également dénommée sM (small membrane) qui est une protéine transmembranaire non glycosylée d’environ 10 kDa, est la protéine présente en plus faible quantité dans le virion. Elle joue un rôle moteur dans le processus de bourgeonnement des coronavirus qui se produit au niveau du compartiment intermédiaire dans le réticulum endoplasmique et l’appareil de Golgi [0006] La protéine M ou protéine de matrice (25-30 kDa) est une glycoprotéine membranaire plus abondante qui est intégrée dans la particule virale par une interaction M/E, tandis que l’incorporation de S dans les particules est dirigée par une interaction S/M. Elle semble être importante pour la maturation virale des coronavirus et pour la détermination du site au niveau duquel les particules virales sont assemblées. [0007] La protéine N ou protéine de nucléocapside (45-50 kDa) qui est la plus conservée parmi les protéines structurales des coronavirus, est nécessaire pour encapsider l’ARN génomique puis pour diriger son incorporation dans le virion. Cette protéine est vraisemblablement également impliquée dans la réplication de l’ARN. [0008] Lorsqu’une cellule hôte est infectée, le cadre de lecture (ORF) situé en 5’ du génome viral est traduit en une polyprotéine qui est clivée par les protéases virales et libère alors plusieurs protéines non-structurales telles que l’ARNpolymérase ARN dépendante (Rep) et l’ATPase hélicase (Hel). Ces deux protéines sont impliquées dans la réplication du génome viral ainsi que dans la génération de transcrits qui sont utilisés dans la synthèse des protéines virales. Les mécanismes par lesquels ces ARNms sub-génomiques sont produits, ne sont pas complètement compris ; cependant des faits récents indiquent que les séquences de régulation de la transcription à l’extrémité 5’ de chaque gène représentent des signaux qui régulent la transcription discontinue des ARNms sub-génomiques. [0009] Les protéines de la membrane virale (protéines S, E et M) sont insérées dans le compartiment intermédiaire, alors que l’ARN répliqué (brin +) s’assemble avec la protéine N (nucléocapside). Ce complexe protéine-ARN s’associe ensuite avec la protéine M incluse dans les membranes du réticulum endoplasmique et les particules virales se forment lorsque le complexe de la nucléocapside bourgeonne dans le réticulum endoplasmique. Le virus migre ensuite à travers le complexe du Golgi et éventuellement sort de la cellule, par exemple par exocytose. Le site de l’attachement du virus à la cellule hôte se trouve au niveau de la protéine S. [0010] Les coronavirus sont responsables de 15 à 30 % des rhumes chez l’Homme et d’infections respiratoires ou digestives chez les animaux, notamment le chat (FIPV : Feline infectious peritonitis virus), la volaille (IBV : Avian Infectious bronchitis virus), la souris (MHV : Mouse Hepatitis virus), le porc (TGEV : Transmissible gastroenterititis virus, PEDV : Porcine Epidemic Diarrhea virus, PRCoV : Porcine Respiratory Coronavirus, HEV : Hemagglutinating encephalomyelitis Virus) et les bovins (BcoV : Bovine coronavirus). [0011] En général, chaque coronavirus n’affecte qu’une seule espèce ; chez les individus immunocompétents, l’infection induit des anticorps éventuellement neutralisants et une immunité cellulaire, capables de détruire les cellules infectées. [0012] Une épidémie de pneumonie atypique, dénommée syndrome respiratoire aigu sévère (SARS ou Severe acute respiratory syndrome, SRAS en français) s’est propagée dans différents pays (Vietnam, Hong-Kong, Singapour, Thaïlande et Canada) au cours du premier trimestre 2003, à partir d’un foyer initial apparu en Chine dans le dernier trimestre de 2002. La sévérité de cette maladie est telle que son taux de mortalité est d’environ 3 à 6 %. La détermination de l’agent causatif de cette maladie a été entreprise par de nombreux laboratoires, à travers le monde. [0013] En mars 2003, un nouveau coronavirus (SARS-CoV, SARS virus ou virus SRAS, en français) a été isolé, en association avec des cas de syndrome respiratoire aigu sévère (T.G.KSIAZEK et al., The New England Journal of Medicine, 2003, 348, 1319-1330 ; C. DROSTEN et al., The New England Journal of Medicine, 2003, 348, 1967-1976 ; EP 1 694 829 B1 4 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 Peiris et al., Lancet, 2003, 361, 1319-). [0014] Des séquences génomiques de ce nouveau coronavirus ont ainsi été obtenues, notamment celles de l’isolat Urbani (Genbank n° d’accès AY274119.3 et A. MARRA et al., Science, May 1, 2003, 300, 1399-1404) et de l’isolat de Toronto (Tor2, Genbank n° d’accès AY 278741 et A. ROTA et al., Science, 2003, 300, 1394-1399). [0015] L’organisation du génome est comparable à celle des autres coronavirus connus permettant ainsi de confirmer l’appartenance du SARS-CoV à la famille des Coronaviridae ; les cadres ouverts de lecture ORF1a et 1b et les cadres ouverts de lecture correspondant aux protéines S, E, M, et N, ainsi qu’à des protéines codées par : la région située entre l’ORF-S et l’ORF-E (ORF3), la région située entre l’ORF-S et l’ORF-E et chevauchant l’ORF-E (ORF4), la région située entre l’ORF-M et l’ORF-N (ORF7 à ORF11) et la région correspondant à l’ORF-N (ORF13 et ORF14), ont notamment été identifiées. [0016] Sept différences ont été mises en évidence entre les séquences des isolats Tor2 et Urbani ; 3 correspondent à des mutations silencieuses (c/t en position 16622 et a/g en position 19064 de l’ORF1b, t/c en position 24872 de l’ORFS) et 4 modifient la séquence en acides aminés de respectivement : les protéines codées par l’ORF1a (c/t en position 7919 correspondant à la mutation A/V), la protéine S (g/t en position 23220 correspondant à la mutation A/S), la protéine codée par l’ORF3 (a/g en position 25298 correspondant à la mutation R/G) et de la protéine M (t/c en position 26857 correspondant à la mutation S/P). [0017] En outre, l’analyse phylogénétique montre que le SARS-CoV est éloigné des autres coronavirus et qu’il est apparu, ni par mutation de coronavirus respiratoires humains, ni par recombinaison entre des coronavirus connus (pour une revue, voir Holmes, J.C.I., 2003, 111, 1605-1609). [0018] La mise en évidence et la prise en compte de nouveaux variants sont importantes pour la mise au point de réactifs de détection et de diagnostic du SRAS suffisamment sensibles et spécifiques ainsi qu’à des compositions immunogènes aptes à protéger des populations contre des épidémies de SRAS. [0019] Les Inventeurs ont maintenant mis en évidence une autre souche de coronavirus associé au SRAS, qui se distingue des isolats Tor2 et Urbani. [0020] La présente invention a donc pour objet, une souche isolée ou purifiée de coronavirus humain associé au syndrome respiratoire aigu sévère, caractérisée en ce que son génome présente sous la forme d’ADN complémentaire un codon sérine en position 23220-23222 du gène de la protéine S ou un codon glycine en position 25298-25300 du gène de l’ORF3, et un codon alanine en position 7918-7920 de l’ORF1a ou un codon sérine en position 26857-26859 du gène de la protéine M, lesdites positions étant indiquées en référence à la séquence Genbank AY274119.3. [0021] Selon un mode de réalisation avantageux de ladite souche, l’équivalent ADN de son génome présente une séquence correspondant à la séquence SEQ ID NO : 1 ; cette souche de coronavirus est issue du prélèvement de lavage bronchoalvéolaire d’un patient atteint de SRAS, répertorié sous le n° 031589 et effectué à l’hôpital français de Hanoi (Vietnam). [0022] Conformément à l’invention, ladite séquence SEQ ID NO :1 est celle de l’acide désoxyribonucléique correspondant à la molécule d’acide ribonucléique du génome de la souche isolée de coronavirus telle que définie ci-dessus. [0023] La séquence SEQ ID NO : 1 se distingue de la séquence Genbank AY274119.3 (isolat Tor2) en ce qu’elle possède les mutations suivantes : - g/t en position 23220 ; le codon alanine (gct) en position 577 de la séquence en acides aminés de la protéine S de Tor2 est remplacé par un codon sérine (tct), - a/g en position 25298 ; le codon arginine (aga) en position 11 de la séquence en acide aminés de la protéine codée par l’ORF3 de Tor 2 est remplacé par un codon glycine (gga). [0024] En outre, la séquence SEQ ID NO : 1 se distingue de la séquence Genbank AY278741 (isolat Urbani) en ce qu’elle possède les mutations suivantes : - t/c en position 7919 ; le codon valine (gtt) en position 2552 de la séquence en acides aminés de la protéine codée par l’ORF1a est remplacé par un codon alanine (gct), - t/c en position 16622 : cette mutation ne modifie pas la séquence en acides aminés des protéines codées par l’ORF1b (mutation silencieuse), - g/a en position 19064 : cette mutation ne modifie pas la séquence en acides aminés des protéines codées par l’ORF1b (mutation silencieuse), - c/t en position 24872 : cette mutation ne modifie pas la séquence en acides aminés de la protéine S, et - c/t en position 26857 : le codon proline (ccc) en position 154 de la séquence en acides aminés de la protéine M est remplacé par un codon sérine (tcc). [0025] En l’absence de mention particulière, les positions des séquences nucléotidiques et peptidiques sont indiquées en référence à la séquence Genbank AY274119.3. EP 1 694 829 B1 5 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 [0026] La présente invention a également pour objet un polynucléotide isolé ou purifié, caractérisé en ce que sa séquence est celle du génome de la souche isolée de coronavirus telle que définie ci-dessus. [0027] Selon un mode de réalisation avantageux dudit polynucléotide il présente la séquence SEQ ID NO : 1. [0028] Les Inventeurs décrivent également un polynucléotide isolé ou purifié, caractérisé en ce que sa séquence hybride dans des conditions de forte stringence avec la séquence du polynucléotide tel que défini ci-dessus. [0029] Les termes « isolé ou purifié » signifient modifié « par la main de l’homme » à partir de l’état naturel ; autrement dit si un objet existe dans la nature, il est dit isolé ou purifié s’il a été modifié ou extrait de son environnement naturel ou les deux. Par exemple, un polynucléotide ou une protéine/un peptide naturellement présent dans un organisme vivant n’est ni isolé, ni purifié ; en revanche le même polynucléotide ou protéine /peptide séparé des molécules coexistantes dans son environnement naturel, obtenu par clonage, amplification et/ou synthèse chimique est isolé au sens de la présente invention. De plus, un polynucléotide ou une protéine/peptide qui est introduit dans un organisme par transformation, manipulation génétique ou par toute autre méthode, est « isolé » même s’il est présent dans ledit organisme. Le terme purifié tel qu’utilisé dans la présente invention, signifie que les protéines /peptides selon l’invention sont essentiellement libres d’association avec les autres protéines ou polypeptides, comme l’est par exemple le produit purifié de la culture de cellules hôtes recombinantes ou le produit purifié à partir d’une source non-recombinante. [0030] On entend par conditions d’hybridation de forte stringence, des conditions de température et de force ionique choisies de telle manière qu’elles permettent le maintien de l’hybridation spécifique et sélective entre polynucléotides complémentaires. [0031] A titre d’illustration, des conditions de forte stringence aux fins de définir les polynucléotides ci-dessus, sont avantageusement les suivantes : l’hybridation ADN-ADN ou ADN-ARN est réalisée en deux étapes : (1) préhybridation à 42°C pendant 3 heures en tampon phosphate (20 mM pH 7,5) contenant 5 x SSC (1 x SSC correspond à une solution 0,15 M NaCl + 0, 015 M citrate de sodium), 50 % de formamide, 7 % de sodium dodécyl sulfate (SDS), 10 x Denhardt’s, 5 % de dextran sulfate et 1 % d’ADN de sperme de saumon ; (2) hybridation pendant 20 heures à 42°C suivie de 2 lavages de 20 minutes à 20°C en 2 x SSC + 2 % SDS, 1 lavage de 20 minutes à 20°C en 0,1 x SSC + 0,1 % SDS. Le dernier lavage est pratiqué en 0,1 x SSC + 0,1 % SDS pendant 30 minutes à 60°C. [0032] Les Inventeurs décrivent également un fragment représentatif du polynucléotide tel que défini ci-dessus, caractérisé en ce qu’il est susceptible d’être obtenu, soit par l’utilisation d’enzymes de restriction dont les sites de reconnaissance et de coupure sont présents dans ledit polynucléotide tel que défini ci-dessus, soit par amplification à l’aide d’amorces oligonucléotidiques spécifiques dudit polynucléotide tel que défini ci-dessus, soit par transcription in vitro, soit par synthèse chimique. [0033] Selon un mode de réalisation avantageux dudit fragment, il est sélectionné dans le groupe constitué par : l’ADNc correspondant à au moins un cadre ouvert de lecture (ORF) choisi parmi : ORF1a, ORF1b, ORF-S, ORF-E, ORF-M, ORF-N, ORF3, ORF4, ORF7 à ORF11, ORF 13 et ORF 14, et l’ADNc correspondant aux extrémités 5’ ou 3’ non-codantes dudit polynucléotide. [0034] Selon une disposition avantageuse de ce mode de réalisation, ledit fragment présente une séquence sélectionnée dans le groupe constitué par : - les séquences SEQ ID NO : 2 et 4 représentant l’ADNc correspondant à l’ORF-S qui code pour la protéine S, - les séquences SEQ ID NO : 13 et 15 représentant l’ADNc correspondant à l’ORF-E qui code pour la protéine E, - les séquences séquence SEQ ID NO: 16 et 18 représentant l’ADNc correspondant à l’ORF-M qui code pour la protéine M, - les séquences SEQ ID NO : 36 et 38 représentant l’ADNc correspondant à l’ORF-N qui code pour la protéine N, - les séquences représentant les ADNc correspondant respectivement : aux ORF1a et ORF1b (ORF1ab, SEQ ID NO : 31), aux ORF3 et ORF4 (SEQ ID NO : 7, 8), aux ORF 7 à 11 (SEQ ID NO : 19, 20), à l’ORF13 (SEQ ID NO : 32) et à l’ORF 14 (SEQ ID NO : 34), et - les séquences représentant les ADNc correspondant respectivement aux extrémités 5’(SEQ ID NO : 39 et 72) et 3’ non-codantes (SEQ ID NO : 40, 73) dudit polynucléotide. [0035] Les Inventeurs décrivent également un fragment de l’ADNc codant pour la protéine S, tel que défini ci-dessus, caractérisé en ce qu’il présente une séquence sélectionnée dans le groupe constitué par les séquences SEQ ID NO : 5 et 6 (fragments Sa et Sb). [0036] Les Inventeurs décrivent également un fragment de l’ADNc correspondant aux ORF1a et ORF1b tel que défini ci-dessus, caractérisé en ce qu’il présente une séquence sélectionnée dans le groupe constitué par les séquences SEQ ID NO : 41 à 54 (fragments L0 à L12). [0037] Les Inventeurs décrivent également un fragment du polynucléotide tel que défini ci dessus, caractérisé en ce qu’il présente au moins 15 bases ou paires de bases consécutives de la séquence du génome de ladite souche incluant au moins une de celles situées en position 7979, 16622, 19064, 23220, 24872, 25298 et 26857. De préférence, il s’agit d’un fragment de 20 à 2500 bases ou paires de bases, de manière préférée de 20 à 400
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du journal CNRS